物理学家海因茨·施奈德遇害事件的重大嫌疑犯爱丽丝被黑道悬赏了巨额赏金。 女性赏金猎人娜蒂在墨西哥遇到爱丽丝，但她不是来逮捕爱丽丝的，而是奉主雇的要求来保护爱丽丝的。 爱丽丝要去南方的故乡，娜蒂决定陪伴爱丽丝一同前进，但是大路前方，是赏金猎人里卡多、神秘少年L.A的埋伏，而娜蒂的主雇茱迪小姐，也似乎有所隐瞒。学者道格拉斯·罗森伯格则按兵不动，似乎一切都在他的计划之中。 魔女的传说，路途的危机四伏，娜蒂与爱丽丝能到达她们的目的地吗？
作为实现愿望的代价，在无人知晓的情况下不断战斗的魔法少女们。然而，环伊吕波，却忘记了自己的愿望。“成为魔法少女的时候，我是许了什么愿望来着？”日常当中突然出现的空洞。失去了的某件重要之物。连理由都不知道，就这样每天不停地战斗…… 就在此时，魔法少女之间开始流传某个传闻。“若能去神滨的话，魔法少女就能得到拯救”。魔法少女与传闻集中的城市，神滨市。寻求着自己失去的愿望，环伊吕波的故事开始了——
正和63年10月。 大廃線により鉄路の殆どが失われてしまった国――日ノ本。九洲は隈元県御一夜市。 疲弊しきった経済の立て直しを、蒸気機関車8620とそのレイルロオド?ハチロクとを主役に据えた観光振興により 見事成功させ鉄道復興の聖地となった同市は、 さらなる復興への機運や全国の鉄道事業者?まいてつたちの交流を盛り上げるべく、 『第一回まいてつ祭』の開催を企画する。 鉄道車両の運転制御用人型モジュール「レイルロオド」達もそれぞれのマスター達につれられ全国から集う。 人間達の連日の会議に刺激され、「自分たちも何かをしたい」と意気投合した彼女たちは、 有名レイルロオド「すずしろ」を中心として「レイルロオドサミット」を主催。 駅前の「cafe亜麻色」に集合し、「まいてつ祭」へ更なる彩りを加えるべく知恵を絞っていく。
世界的中心，盖特皮亚，过去是无边无际的荒芜不断的魔境。 女神从天而降，天空中出现了巨大的“门”。人们在“门”里发现了维持着世界的奇迹源"kirakuri"存在。 随着岁月的流逝，盖特比亚作为城市发展起来。 在"门”迷宫中专内采集"kirakuri"的宝物猎人出现。维持世界奇迹般的能量，委托给了"kirakuri"猎人的手。 主人公凑有一天突然被青梅竹马的优托莉亚叫了出来。 在抱着淡淡的期待去了那个地方，凑被优托莉亚告知了“我...我觉得你很适合当社长!”就这样继承了上一代的遗迹，凑的社长冒险生活开始了。
丸尾荣一郎是个认真务实的高中男学生，为解决课堂学习外运动不足的问题，偶然机会下参加了南网球俱乐部（STC）的免费体验活动，并在那里遇到了同校的女学生鹰崎奈津。在与鹰崎谈过并考量自己的兴趣后，决定加入STC，开始他打网球的生涯。 荣一郎把“只要能追上所有的球，并且能控制所有的球，理论上是不会输的。”这句话当信念，朝职网的目标努力中。
