新エネルギー資源の発見によって造られたメガフロート都市?ベイロンシティ。 そこで小さな会社を営む青年?シュウ。 彼は日頃の金遣いの荒さからひもじい生活を送っていた。 そんなシュウを心配し、彼の事務所兼自宅に通う一人の少女?キサラ。 彼女はベイロンシティ内の高校に通いながら、仕事の事務作業から家事まで面倒を見る。 そしてもう一人、シュウが以前に所属していた会社の先輩であり、 元恋人でもあるアヤノも彼のことを気にかけていた。 太平洋に浮かぶ人工島で巻き起こる
时值大正十二年，东京的夜晚，那些将会出现。他们是潜藏在黑暗中，啜饮人类鲜血的吸血鬼，在更久远的时代就隐身居住在这个世界。陆军内部创设了第十六特务队来管理他们，通称「零机关」。这个部队是中岛中将为了对抗近代化列强诸国的情报战而创设，但眼下零机关的任务，是对应暗藏在东京的吸血鬼事件。被分配到此项工作的是──最强人类的前田义信大佐，国内等级最高的吸血鬼且机关新人栗栖秀太郎，智力是规格外的山上德一，从江户时代就存在至今的须和（暂译，原文スワ），喜爱未衰老大脑的疯狂科学家竹内（暂译，原文タケウチ）。──以上，是零机关实行部队的成员。不断增加的吸血鬼们，暗中行动的影子，神秘人工血液的存在，冷眼静观这些事态的是，虽然年龄超过300岁，外表却与小孩无异的S等级吸血鬼戴夫罗特（暂译，原文デフロット）。零机关今日，穿梭于大正浪漫的夜晚之中。
2015年，涩谷。在从6年前发生的大灾害“涩谷地震”当中复兴的城市所新设的私立高中“碧朋学园”就读的少年宫代拓留，追寻着作为自身设立的新闻部活动一环的、被称作“新时代疯狂的再来”的连续杀人事件……
