《北洋残案》主要讲述了民国那个时局动荡的时期遗留的数件民间残案，由一起“百尸渡河”引发百年历史的秘密即将被揭开，破案过程更是突破以往常规。本片由不同故事组成，以单元性破案为主环环相扣，玄幻、冒险、悬疑，整体营造神秘而又紧张的故事气氛，剧情烧脑吸引人去一探究竟。
清朝末年，北京安府为祖传的医药世家。至安霁和与妻秦氏接掌时，因调配出能医治百病、延年益寿的妙方“还魂丹”，而在医界喧腾，引来各方争夺。安霁和死后一年，“还魂丹”因朝廷的征用引来家破人亡的浩劫，甚至殃及已经嫁出的女儿安天澜，令其夫婿不幸枉死，而刚怀身孕的她则辗转逃至江南生下不能说话的女儿方惜若。因为家族落魄，方惜若的成长受尽了折磨和刁难，十八年后，方惜若卷入复杂难解的感情纠葛，在历经了家族含冤灭门、母女寄居受虐、人生颠沛流离的重重磨难后，她一步步解开了自己的迷离身世，并将家族“还魂丹”的秘密最终揭开。
为帮助小七修炼成仙，啸天、金城和小七开了一间贩卖法术的杂货铺，通过传授法术来帮助人们实现心愿。在这期间，他们遇到了形形色色的人与各种各样的人间烦心事，但因为法术需要用人的恶念交换，从而上演了许多令人啼笑皆非的闹剧。 最终，金城找到了自己失散许久的爱人小翠；初到人间的小七，也在这历练中感受到了人间的有趣，更对啸天产生了难以名状的情愫；一心捉妖的捉妖师啸天发现，世间竟有小七这般善良可爱的妖，而所谓“捉妖”竟是一场蓄谋多时的阴谋……
