3000万年前，黑暗使世界陷入恐惧。 最终光之巨人将黑暗封印到了遥远的宇宙中。 光之巨人也用尽了全力，在红色的星球上陷入长眠。 时光流转，在地球和平同盟TPU紧急组建精英小组“GUTS-SELECT”时，主人公真中剑悟正在刚刚开拓的火星上作为植物学家安稳地生活着。 但是有一天，超古代封印的黑暗突然再次来袭，打破了安稳宁静的生活。 当火星的街道被怪物破坏时，剑悟被命运引导，和沉睡的光之巨人相遇了。 这次相遇会给他和地球带来怎样的影响呢？ 跨越时空苏醒的光之巨人，其名为——特利迦奥特曼。
由于King Records的疏忽，电视动画和第3季同时开展的梦想土崩瓦解…… 到底两人能在动画播放之前幸存下来吗……
警方為應付未確認生命體而開發了G3系統，這套G3系統是根據未確認生命體4號即幪面超人古迦的力量而設計出來，裝著員是一位叫冰川誠的警員，為人真誠但略為粗獷。警方另一部門在荒島上發現了古代文明，並進行解碼。當未確認生命體再次出現，連G3也不是其對手時，神秘的金色幪面超人亞極陀登場，這個幪面超人是一位失憶的青年津上翔一變身，起初因未能控制而襲擊G3。 翔一暫住在美杉義彥的家，認識了擁有超能力的風谷真魚，真魚更幫助翔一四出尋找他失去的記憶，並遇上葦原涼。涼在父親的遺物中，發現一本記事薄，當中提及之姓名卻無人知曉，查探父親死因後，竟發現自己是另一個幪面超人－磯烙使。磯烙使是不完整的亞極陀，所以當涼變身磯烙使後會出現後遺証。有次他相當危險，幸得因超古代文明遺傳因子而誕生的青年所救。之後出現的未確認生命體也相繼被翔一，涼以及誠所打敗。 後來，涼誤會女朋友是被亞極陀...
