神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
当你魂穿别人的时候，别人也在穿你。 这天，林凡与圣女同时穿越，之后更是发现，他们可以无限互穿！ 不断往返于两个时空之中，二人混乱的穿越修仙之旅就这样开始了。
在这一季里，超级飞侠们都升级成为了愿望守护者 。 在新的一季中，超级飞侠们将摇身一变成为勇敢的愿望守护者，他们不仅拥有酷炫的新装备，同时每个超级飞侠都拥有不同属性的能量球。 在遇到困难需要帮助时，呼叫愿望守护者，启动愿望守护者程序，超级飞侠会带着不同的能量球，启动能量球，加入愿望守护，共同解决面临的阻碍与困难。 愿望能量球可以给超级飞侠和孩子们相同的强大力量去武装来完成伟大的事情，每个愿望能量球蕴含来自于我们身边的自然世界中不同的超强能量，它们是旋风、水波、大地、钢铁、动物、闪电、火焰等能量。 愿望守护者的任务是为小朋友们排忧解难帮助小朋友们实现他们的美好愿望。
大雪覆门，妖修突袭，屠尽墨门，少年路朝歌痛失至亲，绝境之中觉醒绑定逆天系统，靠水系启灵死里逃生，立誓肃清世间妖邪。十年蛰伏苦修，他困于初境寸步难行，一朝契机重启系统，携妹妹路冬梨下山寻灵草破境。途中巧破异兽难题，逆天引九道天道敕令启灵，连破五重境界，还直面剑宗天骄邀战，昔日废柴掌门，自此强势逆袭。
