陈锋意外获得现世与末世废土双向穿越的能力，没有选择独行倒卖，而是带着丧尸样本与基因药剂主动向国家坦白，并当众展示穿越能力，将整个末日世界“上交”国家。国家迅速成立“火种计划”指挥部，开启跨世界战略布局。陈锋带领现代化特种部队重返废土，以精准步枪、装甲战车、远程火箭炮对丧尸潮、废土军阀与变异暴君实施降维打击。同时，末世黑科技反向赋能现世，推动科技跨越式发展，也引来敌对大国的觊觎与围堵。故事围绕国家机器碾压末日怪物、双线崛起展开，展现跨世界争霸与文明升级的宏大征程。
1913年，湖南长沙，毛泽东以第一名的成绩考入了湖南第一师范。五年师范生涯、动荡的时局，尤其在反对袁世凯签订“二十一条”条约复辟称帝的斗争中，一师孔校长被迫逃往日本，面对残酷现实的毛泽东，对教育救国与改良主义信仰产生了动摇！
魔种白擎天之子，在圣玄宗弟子入门考核时觉醒无限顿悟系统，靠着故意引人嫉妒获得的顿悟机会，展现出逆天的天赋，但因为叛徒之子的身份，最后被上代圣子收为弟子。为获得顿悟机会，白墨总是故意和嫉恨自己的人行走一起，不停表现天赋引人嫉妒，修成各种强大的术法，获得前往麒麟秘境的资格。
罗刹街镇魂将曹焱兵和寄灵人夏玲踏上修复灵槐之路，羽林街镇魂将南御夫却受命缉拿曹焱兵，恰有菩提街镇魂将北落师门出面平息事态。但南御夫心怀鬼胎，北落师门与女孩水儿也暗藏秘密，曹焱兵和夏玲又将如何应对。菩提树下，三方命运交结，最终会涌至何处？
在这一季里，超级飞侠们都升级成为了愿望守护者 。 在新的一季中，超级飞侠们将摇身一变成为勇敢的愿望守护者，他们不仅拥有酷炫的新装备，同时每个超级飞侠都拥有不同属性的能量球。 在遇到困难需要帮助时，呼叫愿望守护者，启动愿望守护者程序，超级飞侠会带着不同的能量球，启动能量球，加入愿望守护，共同解决面临的阻碍与困难。 愿望能量球可以给超级飞侠和孩子们相同的强大力量去武装来完成伟大的事情，每个愿望能量球蕴含来自于我们身边的自然世界中不同的超强能量，它们是旋风、水波、大地、钢铁、动物、闪电、火焰等能量。 愿望守护者的任务是为小朋友们排忧解难帮助小朋友们实现他们的美好愿望。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
该季讲述了，拥有“武神躯”的少年镇魂将一一曹焱兵为寻父母下落，与少女夏铃、北落师门等队友，闯入灵域禁地芦花古楼，并与守卫者“风花雪月”四王展开激烈交锋的冒险故事。
