在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
帕德公爵和安的双亲为了保护圣灵之冠与盗冠者玛蒙展开大战。为了彻底打败强大的玛蒙，安的双亲选择把他逼进黑暗空间，由帕德公爵负责封印时空之门，同时也封印了安。安历经艰辛终于战胜了他的影子，并达到天人合一的境界。为了阻止重返世间的黑暗之子玛蒙，安在伙伴们的帮助下一起向黑暗之神玛蒙发起战斗，欲夺回圣灵之冠……
为了保护小鸡岛居民和这里平静的生活，伍六七和他的伙伴大保和小飞开启了去往玄武国的冒险旅程，去寻找身世的真相和解救小岛的办法，等待他们的又将是更多的未知与奇遇。
十方天域，强者为尊，少年林天被未婚妻萧韵联合莫家长子莫森骗光了家产，还被推下悬崖。侥幸未死的他终于幡然醒悟，决心向两家复仇，夺回属于自己的一切，在悬崖之下，他偶获神秘黑铁剑，此剑暗藏神功，竟助他炼成无上武道。因实力不足，他决定先拜入九阳武府，待实力成熟后再行复仇，不料武府长老却是莫森的大伯，林天内外交困，危机重重。林天开始低调行事，苦修武道，精修符阵之法，暗中出城历练，战赤面鬼，杀百足兽，夺血魂花，奇遇不断。他的实力飞速增长，萧莫两家却仍不知悔改，埋伏、暗杀，甚至发动全家势力进山围剿，而林天神功大成，自以一剑破之。且看少年林天如何喋血复仇，历经磨难，终成神王，一统十方之天界！
九界唯一体修至尊，惨遭至交厉云飞背叛，身死道消。 机缘巧合保留神魂不灭，意外降临到青云门将死弟子萧晨身上。 重生一世，萧晨不仅复活，更是天赋觉醒无上神通，更要发誓拿回属于自己的一切，以“诸天尊”的身份走出了自己的神通大道。
火桑重逢奏响罪血悲歌，灰烬落处石灵绝境重生。
