全片以主人公伍六七寻找失去的记忆为故事主线，配合角色与角色之间的爱恨情仇组成的支线贯穿始终。通过讲述主人公在帮助别人和寻找自我的过程中，认识不同的人，与不同角色之间发生的有趣的，最终用爱化解仇恨与偏见的故事，想带给观众欢乐的同时表达对生活的热爱，爱与包容可以化解一切。
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
叶星云师傅羽化仙去，留下了一个势力庞大的天元神宗，叶星云成为了天元神宗新一任宗主，同时以狸猫换太子的手法，变成了一个小世家的子弟，隐匿其中，静待复仇的机会。叶星云踏上了一条无比凶险的路，但是凭借着自身的谋略，和天元神宗一众高手们的辅佐，纵横捭阖，运筹帷幄，对抗庞大的大周王朝。
凭借魄力和勇气，凡体少年萧云在顿悟系统的帮助下，参加神体大能争夺大帝资格的战斗。可是，百万年前的大帝为何认识他！？未来的他为何留下笔记！？顿悟系统的真正来历又是如何！？所有平行世界将面临巨大危机，唯一拯救者是被众神召唤而来的地球少年！
金豪启动“许愿树”失败后并没有善罢甘休，暴躁升级的他发誓要卷土重来，并加大力度搜集神奇宝物。为达目的，金豪设计用神奇宝物“记忆葫芦”，抹去熊大熊二的记忆，并蛊惑他们视光头强为敌，指使他们前往光头强家搜寻乾坤袋。光头强得知真相后，联合森林动物们展开救援，终于帮熊大熊二恢复记忆。而熊强组合也再度联手，肩负起保护宝物的责任，与金豪展开激烈抗衡。随着不断升级的争斗，大批神奇宝物涌现，让金豪愈加疯狂。而他的手下为抢功也不停捣乱、抢夺，甚至对宝物也是虎视眈眈。宁静的狗熊岭，注定将在这场宝物争夺的风暴中，陷入漫长而动荡的不安岁月……
大BOSS玉王的生母，当朝的皇太后也终于出场，她对玉王因为莫小西而耽误了复仇大业极其不满，一心想要除掉莫小西，导致莫小西的处境更加艰难。好在此时，栾夏泽也真正喜欢上莫小西，栾夏泽残暴的性格也在潜移默化之中被她影响，慢慢变得温和起来，在一次玉王的谋反行动中，莫小西被牵连进来，栾夏泽为了救她，中毒生命危急，莫小西求助系统，系统给的却药品无法救助别人，莫小西只好回到现实世界，去寻求解药，终于治好栾夏泽，这时候栾夏泽和玉王都对莫小西的身份产生的怀疑。随着剧情的深入，莫小西的位分不断...
