在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
21世纪，原本能量稳定的人、神、妖三界由于人类社会的飞速发展而失去平衡，神、妖两界紧急启动救世计划，决定派出一批神仙、妖怪来到人界寻找救世方案。苏莫婷是一个带着“神妖之子”身份的社畜女青年，在被父母以“独立自强”为理由请出家门后，遇到了同样流落人间的二货帅气小萌神——天机星以及神秘沉稳酷猫妖——地魁。在土地的主导下，三人结成救世组合，开始上演搞笑而又扎心的无厘头日常。
故事发生在灵山，这里聚集着一群地界“没有希望”的人们。他们大多数穷凶极恶，被社会抛弃在灵山占地为王，第四代魁拔迷麟诞生于此。天界苦苦找寻魁拔无果，为了消灭魁拔，决心将灵山轰为平地。迷麟从困境中崛起，他的精神也一步步唤醒了灵山众人有血有肉的灵魂。迷麟率领灵山军横扫地界各国，与天为敌，成为一代君临天下的霸主。
冰淇淋权杖离奇失窃，为了夺回权杖拯救冰原大陆，雪王一路追击权杖大盗来到猎猎谷，机缘巧合救下了以赚钱振兴饭店为梦想的赏金猎人兔老板，两人带着各自的目标开启了冒险旅程……
