神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
火桑重逢奏响罪血悲歌，灰烬落处石灵绝境重生。
故事发生在未来都市丰都特别经济区，这里是全球最大的义体制造、器官金融和神经数据产业中心。穷人贷款安装义体继续工作，富人更换身体延长寿命，公司则用债务合同绑定人的器官、记忆和身份。城市中频繁出现“义体精神病”事件：有人剥皮换脸，有人吞食记忆，有人死后仍靠义体行动。官方解释为非法改装导致的神经崩溃，但真相是：古老异常存在正在借助义体、仿生皮肤、脑机接口和公司系统重返人间。主角陆烬意外接入一枚神秘心泵“判心”。它的真实身份是钟馗型残甲核心，能展开鬼甲、判眼、斩鬼剑，最终形成完整赛博钟馗形态。但每次觉醒，陆烬都会失去一部分身体和灵魂。
地狱谷不知为何被水填满，水压过大挤破了岩层，让生活在地下世界的鬼族损失惨重。王子阿洛伊斯潜入地狱湖底探查，发现灾难的源头竟来自半个魔女脑袋的眼泪。为了将乱丢脑袋的魔女绳之以法，阿洛伊斯向地面出发了……
