新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来， 人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。 具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员， 与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！ 究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。 变身！SHINKALION！
只要能多救一个人，就算变成“坏人”也在所不惜！ 性格懦弱胆小的明今雨，有着能看到不幸的超能力。原本只是一些细微的不幸，只要避开就好了。但是他却预见到了商场即将塌陷，为了疏散人群而不得不成为袭击者，开始了一系列的疯狂之举。
这一次也带来了新的主题与新的恐怖演出，充满了令人脊背发凉的故事。负责演唱片尾主题曲的二人歌谣组合“风轮”也会以声优的身份参加，成为本季的一大亮点。又出现在孩子们面前的令人毛骨悚然的纸芝居艺人大叔，这次带来的令人身心冻结的恐怖纸芝居，主题是“决”。描绘着与“决”相关的奇妙都市传说，以及遭遇了谁都没有见过的怪奇现象的人们的身姿的壮烈故事被编织了出来。
“这是认错人了…… 不对，是认错僵尸了。” 距离那场导致九成人类感染身亡的神秘传染病爆发的「猩红之日」，已经过去了十三年。 幸存的人们远离城市，在与世隔绝的村落里度日。 生长在新时代的少女亚纪对世界毁灭前的记忆一片空白，为了寻找早年离开村子的父亲，她和青梅竹马的夏树、春一同逃出了村落。 踏出村子后，放眼望去遍地都是僵尸。 可即便如此，人生中第一次感受到的「外界」，却如此辽阔、鲜活，又充满美好。 途中结识的悠与樱也加入了队伍，少年少女们这场残酷却又满是欢乐的全新冒险，就此开启 ——
身为前社畜的有人转生后担任起来路不明的职业『后卫』，但这原来是个能支援攻击与防御，还能补血的万能职业！在有人的身边也陆续聚集了转生前的美女上司（比他年纪还小）、充满谜团的亚人佣兵少女、身怀隐情的高等美。
