袭击了二十世纪的地球的前所未有的大灾害·落星雨。在这场大灾害之下，世界多数的都市遭到毁灭。但，从陨石中发现的未知元素——万应素，让人类的科学技术加速发展，终於诞生出被称作“星脉世代”的、拥有特异之力的新人类。世界最大的综合战斗娱乐项目“星武祭”的舞台，由六所学院包围、通称为六芒星的水上学园都市“六花”。转学到星导馆学园高等部的特待生·天雾绫斗，为了实现自己的愿望，而发誓在这个都市中战斗。
天手让叶是名女高中生，在空中的宇宙殖民卫星过着平静的生活。 但在遇到难民少女尼娅安后，她被卷入了非法MS决斗竞技“军团战”之中。她化名“玛秋”参赛，驾驶着GQuuuuuuX，每日投身激烈的战斗。 同时，被宇宙军和警察两方追捕的神秘MS“高达”及其驾驶员──少年修司，出现在她们面前。 接着，世界迎向了新时代。
一半是人，一半是猩猩的新英雄！ 猩猩人和恐怖分子展開激烈衝突！！ 恐怖組織「動物解放同盟（ALA）」攻擊生物科學研究所時， 救了懷孕的黑猩猩，這隻黑猩猩產下了半人半猩猩的「猩猩人」查理。 15年後，查理在人類雙親的扶養下，進入高中就讀，認識了人類女孩露西。 另一方面，ALA的所作所為越來越激烈，甚至計畫要查理加入他們！
