家里开蛋糕店的凛太郎，因为高大的体型与凶狠的外表，从他小时候周围的人都对他抱有严重的偏见。某天，帮忙顾店的凛太郎与现场唯一的客人?薰子相遇了。娇小的她面前却有许多盘吃完的蛋糕，薰子一看见他就立刻逃离店里，凛太郎以为是因为自己的外表又吓到别人，不禁感到失落又自责。隔天放学后，他在自己的学校校门口看见薰子在等人……？相邻彼此、校风迥异的两间高中?千鸟与桔梗，分别就读于这两间学校的凛太郎与薰子，交织出酸甜又多彩的青春物语。
大家一起歼灭了皮下真率领的犯罪组织「蒲公英」，「夜樱前线」顺利成功，接着还一并举办了太阳与六美的婚宴，夜樱家迎来了安稳的日常生活…… 然而却冒出了新任务？ 某天，太阳在梦中与夜樱家初代当家夜樱蕾进行对话。她表示为了达成「杀了我」的这个愿望，有两个不可或缺的事物。听从蕾说的话，为了接触掌握关键的皮下，太阳要挑战银级特务考试，但是有传言指「今年不会有任何人合格」，最凶狠的考官们正在等着他！ 然后露出无畏笑容，六美她们的父亲夜樱百终于动了起来，身上带有重重谜团的他，究竟有何目的？ 各式各样的事件降临在夜樱家！ 家人之间的关系遭受考验！ 电视动画『夜樱家的大作战』的新章，作战开始！
在这个以暴力为舞台的城市中，留下一个问题：当世界被光怪陆离的表象蒙蔽时，要让自己的故事被铭记，你必须走到多么极端的地步？
