林云转世到了天水国青云宗剑奴的身上，重生后，林云原本悟性极差的资质变得与众不同起来，一套猛虎拳后，竟直接突破到可以成为宗门外门弟子的武道三重。“一日为剑奴，终生为剑奴”，即使获得成为外门弟子的资质，林云依然被宗门其他弟子嘲笑，加上剑奴时期的林云对宗门的天之骄子苏子瑶有念想，此云泥之别更为同宗门弟子所嘲笑，而苏子瑶对林云的照顾也让其他弟子嫉妒。玄黄世界，实力为尊，重生后的林云努力和奇遇，成为内门弟子，并最终力挽狂澜帮助青云宗赢得天水国四大门派三年一度的比武大会，守住了灵脉，也收获了宗门的敬重。
秦羽飞升进入仙魔妖界，因机缘遇见了柳寒舒，在他身上看到了之前的自己，决定收他为徒教他保护自己的方法，但因为宝物星图与柳家和玉剑宗结下梁子，最终以柳寒舒的死亡拉开序幕，秦羽走上与强大对手的对抗之路，努力刻苦修炼，让自己变得更加强大，坚持自己中心的正义之道，也想守护自己在乎的人。三兄弟飞升别离，为寻好兄弟，秦羽踏上了漫漫长路，究竟小黑与侯费在何处，他们能否再次重逢。
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
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