神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
4000年前，出逃王宫的商朝王孙有莘不破救下太一宗弟子江离，两人结伴游荡荒原，入商队、遭异兽、遇天劫，属于少年的冒险正在展开。在他们的身后，王朝交替、山雨欲来，夏商之间爆发了一场有史以来最伟大的战争。命运的齿轮开始转动，那些天赋异禀的少年，早已身在局中。
高冷傲娇的建筑系天才学霸李季，被异世界生物闇麒麟绑架到了一个叫魄念空间的秘境，秘境中是一片远古天庭的废墟遗迹，闇麒麟告诉他，想要回去必须得通过天道的考验，而这个考验就是重建天庭……
陈岛来到浩元大陆，发现自己竟是个零天赋的修行废材，好在觉醒了能改变时间的金手指。他本想利用改变万物时间的能力，暗中成长。然而随着家族内斗的爆发，身为少主的他自然无法置身事外。
在这一季里，超级飞侠们都升级成为了愿望守护者 。 在新的一季中，超级飞侠们将摇身一变成为勇敢的愿望守护者，他们不仅拥有酷炫的新装备，同时每个超级飞侠都拥有不同属性的能量球。 在遇到困难需要帮助时，呼叫愿望守护者，启动愿望守护者程序，超级飞侠会带着不同的能量球，启动能量球，加入愿望守护，共同解决面临的阻碍与困难。 愿望能量球可以给超级飞侠和孩子们相同的强大力量去武装来完成伟大的事情，每个愿望能量球蕴含来自于我们身边的自然世界中不同的超强能量，它们是旋风、水波、大地、钢铁、动物、闪电、火焰等能量。 愿望守护者的任务是为小朋友们排忧解难帮助小朋友们实现他们的美好愿望。
林欢本是富商之子，因意外而家道中落，沦为仇家的倒插门，重新归来的林欢，突然性情大变，打算重整旗鼓，利用自己梦中所见的奇闻奇物发展家业，在古代打造出属于自己的新时代。
