真道幸路朗是在外务省工作的干练交涉官。在羽田机场，真道所乘坐的客机正准备起飞时，空中出现了神秘的巨大立方体。“那个东西”急速地巨大化，并吞噬了载有252人的客机。巨大立方体的名字是“卡多”。 从卡多当中现身的神秘存在亚哈库依·扎修尼纳，试图与人类进行接触。被卡多吸收的真道，接受了亚哈库依·扎修尼纳与人类之间的调停任务。另一方面，日本政府也将国际交涉官徭沙罗花作为代表送往现场。亚哈库依·扎修尼纳究竟是什么人？而他的目标又是什么？
故事发生在一个架空的世界之中，邪龙“达钢索德”的频繁现身令整个世界都陷入了危机，魔导士们挺身而出，想要将邪龙封印。锡洛（松冈祯丞 配音）的父母便是其中的两位，不幸的是，封印任务失败了，锡洛就此成为孤儿。这段悲惨的遭遇让锡洛更加坚定了继承双亲遗志的决心，在16岁那一年，他踏上旅途，目标只有一个，就是封印邪龙为父母报仇。 一路上，锡洛遇见了形形色色的伙伴们。身世成迷的单纯少女萨拉特（市道真央 配音）、身手矫健特立独行的盗贼艾琳（内田真礼 配音）、成熟稳重身体强壮的麒鲁（楠大典 配音），在这些伙伴们的帮助和支持之下，锡洛在不断的成长着。
不死者之魔王雷欧尼斯为了日后将会迎来的决战而将自身的灵魂封印了。 然而他在1000年后再度醒来时，不知为何却变成了10岁少年的模样！？ 被隶属于〈圣剑学院〉的美少女利瑟莉娅所保护的雷欧尼斯，在对这个变得截然不同的世界一头雾水的情况下，在〈圣剑学院〉入学了。 未知的敌人〈Void〉、〈第07战术都市〉、外观观是武器形态却拥有异能之力的〈圣剑〉。 在魔法被遗忘的这个未来世界，最强魔王与美少女们交织而成的圣剑与魔剑的学园幻想物语盛大开幕！
