在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
叶星云师傅羽化仙去，留下了一个势力庞大的天元神宗，叶星云成为了天元神宗新一任宗主，同时以狸猫换太子的手法，变成了一个小世家的子弟，隐匿其中，静待复仇的机会。叶星云踏上了一条无比凶险的路，但是凭借着自身的谋略，和天元神宗一众高手们的辅佐，纵横捭阖，运筹帷幄，对抗庞大的大周王朝。
炼体老祖叶苍玄以肉身之力无敌当世，轻松渡劫飞升神界，却因见到九玄大陆灭亡命数，遂决定重返九玄。彼时六大宗门分崩离析，外域邪魔蛰伏待发，于暗处搅动风云。而叶苍玄的逆天改命之途也由此开始，统六宗、闯蛮州、入仙魔、诛邪魔、逆神界，最后与天争雄！
凡人之上，仙道昌隆，在这个修仙炼道的世界里，排在第一位的就是钱财，穷困潦倒的天风学院学生楚天继承一笔百亿巨额财产，由此开启一段“挥金之旅”。楚天本着“不能浪费社会资源”的原则置办顶级豪宅，装备登峰造极，垄断天风城高阶精品丹药和符篆，过着挥金如土的日子，真正达到了视钱财如粪土的超我境界。而此时天风城平静的表面下暗潮涌动，城中暗黑势力一统天下的狼子野心昭然若揭，很快楚天被暗黑势力盯上并因此结下仇恨，遭到暗黑势力的追杀。
