在午夜神秘的钢琴声中凹凸学园的新学期开学了。教师团队对校园中发生的神秘事件含糊其辞，而一个个谜题却总出现在同学们的身边。洒满阳光的美术教室弥漫着浓雾、破旧的老教学楼散发着诱人的香气……幕后主使竟拥有关闭校园的权利！同学们，凹凸学园解谜大事件欢迎加入！
在《纳米核心》的里世界中，各位主角配角以及龙套们，都要在“纳米学院”中学习生活。大家在这个世界不那么认真地上课、考试、过着奇奇怪怪的校园日常，并不正经地保护着这个世界，以及不停地用各自的方式向大家“表示友好”。
因一场以利益交换为目的的联姻，太玄楼刺客江元与九璇宗圣女韶月奉命成婚。两人在洞房夜发起暗杀，却发现彼此皆是不死之身。为了得到对方宗门的秘宝御妖铃、镇魔钟，两人从死敌转为表面夫妻，虚与委蛇。但两人尚不知道，对方也是家园被“虚无”所毁的外星遗民。这对宿命伴侣在戒备与试探中结成同盟，不仅要寻找遗失飞船化做的秘宝，更要对抗虎视眈眈的整个修仙界，在危机四伏中寻找击败“虚无”的希望。
