传奇黑客为拯救人类被系统AI追杀身死，意外成为异界第一宗门的宗主，但为了应对宗内全是卧底的局面和随身而来的系统危机，陈宁只想低调的再观望看看。但如锥处囊中，纵使他冷面无双心系世人，也是万花丛中过，朵朵都沾身，最后在系统代理人姜雀的帮助下，陈宁王霸之躯一抖，敌我双方纳头便拜！世界隐秘争先恐后对他打开，最终破解灭世危机。
主人公林峰本是天才机器人工程师，为了提升其所研发的超能机器人的机能，他费尽千辛万苦，从深渊之中挖掘出了神秘的上古至宝——祖龙之眸，而正当其欲将祖龙之眸的能量，转化入超能机器人之中时，龙眸内的神力被意外激发，引发时空漩涡，将林峰带到了崇尚武道的古神大陆，转世重生。重生的林峰被封印了前世的记忆，成为了一个只觉醒了治疗系武魂的平庸人士，备受冷眼，甚至惨遭未婚妻的悔婚。其未婚妻的族人为了斩草除根，狠心袭杀林峰。危机时刻，林峰觉醒了关于祖龙之眸的记忆，并惊喜发现龙眸的神力已成功与其所研发的超能机器人所融合。随后，在超能机器人的帮助之下，他逐渐掌控了祖龙之眸的神力，踏上了强者之路。
墨白身为修仙门派天机门的大弟子，天赋异禀却不好好修仙，一心只想吃遍天下美食。因缘际会中，墨白与妖怪厨师小黑、师妹星红，三人一起组成美食小队，遍历天下寻找异兽美食，却在这旅途中，无意间发现了当年人妖动乱的秘密……
昔日长留仙山沦为冷清景区，员工静恒接到关停通知，收拾行李时碰倒木箱，唤醒了因被遗忘而沉睡的四瑞兽，主事业的苍龙、主财运的白虎、主姻缘的朱雀、护健康的玄武。因神力衰减，四瑞兽的许愿回应十分“抽象”，反倒让长留仙在网上走红。随着人气渐旺，白泽、麒麟等瑞兽相继苏醒，静恒与这群瑞兽联手，让古老传说在现代焕新，守护住了这片神话净土。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
桃夭带着小和尚磨牙、第一季收服的小狐妖、桃都老邻居柳公子一起，为了寻找失踪的百妖谱而云游四方。在途中遇到应声、化蛇、媪姬、照海四个妖怪，为妖怪治疗各种疑难杂症。
