レベルファイブの人気タイトル「妖怪ウォッチ」の劇場版アニメ第4弾。30年後の世界を舞台に、登場人物などを一新してた新たな世界が描かれる。かつて、妖怪を操る不思議な「腕輪」を持つ少年が存在した。しかし、少年は大人に成長し、彼には妖怪の存在が見えなくなってしまった。そして、役目を終えた「腕輪」は時空の彼方に葬られた。ケータの時代から30年後。穏やかな日常に彗星が迫り、妖怪ウイルス「鬼まろ」が人の悪意に感染。そのウイルスは無限に増殖を続けていた。新たな妖怪ウォッチに選ばれし者が、この人類滅亡の危機を救い、人間と妖怪の絆を取り戻す。今作ではジバニャンら妖怪たちに「ライトサイド」「シャドウサイド」2つのモードが存在するほか、鬼太郎をはじめとする「ゲゲゲの鬼太郎」のキャラクターも登場。新たな主人公でケータの娘となるナツメ役の声を上白石萌音が担当する。

一次偶然中，蓝妹妹（黛米·洛瓦托 Demi Lovato 配音）发现了一张遗落的地图，指引向一座神秘的村庄。为了求证村庄存在的真实性，蓝妹妹和好友聪聪（丹尼·普迪 Danny Pudi 配音）、健健（乔·曼根尼罗 Joe Manganiello 配音）、笨笨（杰克·麦克布瑞尔 Jack McBrayer 配音）一起踏上了旅途。
　　一路上，初出茅庐的四人组遭遇了无数的危险，但总能凭借他们的智慧和运气化险为夷，四人的友情亦遭到了重重考验。邪恶的格格巫（雷恩·威尔森 Rainn Wilson 配音）也知晓了村庄的存在，为了第一个到达村庄，格格巫开始千方百计的阻挠起蓝妹妹一行的前途。

以成为偶像为目标的女高中生东优羽，她在学校为自己定了四项规则——“不要使用社群网站”、“不交男朋友”、“在学校保持低调”、“和来自东西南北的美少女成为朋友”，并和她们组成4人偶像团体。

柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味这两起杀人事件与警察内部人士有关。
　　柯南、小兰等人参加白鸟妹妹的婚宴，电突然间停掉，那刻小兰正与女警佐藤在洗手间。小兰拿起身边的手电筒欲照明时，一颗子弹射进佐藤身体，小兰吓昏过去。次日小兰醒来，却因怪责自己害佐藤挨枪失去记忆。目暮见事态越来越严重，将秘密说出，原来死去的两名警察正与佐藤一起重查一桩有关医生仁野自杀的案件，该案涉及到警察局长的公子。将局长公子假定为嫌疑人之一时，柯南亦想到佐藤被射杀后宴会上少掉的两个人。

在美丽的阿斯卡岛上，流传着这样一个传说：数千年前，岛民极为害怕红色满月的出现。为了消除恐慌，神赐予岛上的国王盾牌和七星剑，然而当七星剑和红色满月同时出现时，黑暗便会支配整个大地。 　　暂时落脚阿斯卡岛的草帽海贼团遭到海军追捕，而此时原本守护船只的索隆却离奇消失。在娜美的坚持下，众人重返小岛，却来到一个陌生所在，继而遇见持有三颗美玉的美丽少女玛雅。另一方面，索隆在岛上的海军道场重逢当年的盟友萨卡。由于玛雅的关系，索隆和香吉士大打出手。而这一切，都和萨卡手中持有的七星剑有关。这把传说中的宝剑，其所隐藏的秘密渐渐浮出水面……

9岁的人类少年莲（宫崎葵 配音）痛失母亲，他拒绝亲戚的照顾，独自跑上熙攘的大街，偏巧遇到了偶然来人间寻找弟子的怪物熊彻（役所广司 配音）。怪物界的宗师（津川雅彦 配音）即将转生为神，接任他位置的人选将在猪王山（山路和弘 配音）和熊彻之间产生，但是没有嫡传弟子让熊彻希望渺茫。借此机缘，莲闯入了怪物世界，他和熊彻之间争吵不断，可是在冲突的过程中似乎又渐渐认同彼此。转眼间莲（染谷将太 饰）已成长为武功高强的落落青年，他无意中回到人间，重拾了失落已久的身份和感情。 　　与此同时，决定宗师的日期一天天临近，谁也没有想到的意外却发生了……

剧版《十万个冷笑话》第二季第 6 集中， 没有名字的男主角（阿杰 配音）在打败鸟不拉屎大王之后，因自身的吐槽能量大爆发而导致地球遭受了空前绝后的大灾难，电影版的故事便从此开始。在灵魂中转站中， 男主角意外去到了神秘的“时之狭间”，在神秘人物的帮助下改写了地球被毁的历史，并回到过去成为了拯救地球的英雄；但是意料之外的事情发生了，时空发生混乱，不同维度的二次元人物穿越到了男主的世界， 男主更是邂逅了神话中的李靖（宝木中阳 配音）和哪吒（山新 配音），童话中的白雪公主（朱雀橙 配音）和匹诺曹（皇贞季 配音），为了扭转错乱的时空，众人一起踏上了再次拯救地球的旅程……