《剿杀令》讲述了解放前夕，国民党不甘失败，留下部分部队军火和特务潜伏在黔东地区，联合当地土匪为反攻作准备。黔东地区土匪借势横行，当地名不聊生。 天台寨匪首熊山虎逼迫布依少女陆翠珍做压寨夫人，陆翠珍为了逃避，只能匆匆与当地的首富莫家少爷莫志明成亲。熊山虎对此耿耿于怀。决意血洗莫家庄…… 莫六姑因觉财产分配不公，对莫志明怀恨在心，更是对机敏能干的陆翠珍恨之入骨；熊山虎便勾结六姑好设计陷害莫志明夫妇。莫志明中毒身亡，陆侥幸逃过一劫，熊山虎欲趁机侵占莫家庄，但棋逊一招，反被陆一举歼灭。巧取天台寨后，陆成为布依山区首领，与得力干将覃天建立了深厚感情，但由于世俗的门规，覃默默的离开了家乡。 黔东解放后，解放军着手剿匪行动，国民党特务了达到目的，暗杀布依山区长老陆文泽，并放出风声：共产党已下达“剿杀令”，将剿灭所有的“土匪”。陆翠珍对解放军误会极深，她率众进入山区...

哨声中，731部队本部在广场上集合，参谋官宣布全体紧急撤退，离去前要销毁一切731的秘密及痕迹。试验室中，伊东在毁坏细菌温床时，划破手而被感染。秋山扶着他跟其他人一样上了唯一逃亡的列车，在开动着的列车内伊东及女医官司都病重，细菌不断在扩散，引起一片惊慌，这列车已成为死亡列车了。

1939年，第二次世界大战全面爆发。侵华日军派出第五师团在我国西南登陆，直接威协大后方重庆。国民革命军第五军在军长杜聿明（刘颖涛 饰）指挥下，抗敌于昆仑关。桂林行辕主任白祟禧也调兵十五万人，发动桂南会战。一时间，战火密布，狼烟四起。青楼女子桂花（张晔 饰）的爱女被日炮火炸死，将士们发誓为她报仇。昆仑关总攻开始前，戴安澜（郑玉 饰）师长下令枪毙了强奸民女的光头连长（杨立山饰）。深明大义的百姓用祖坟墓碑铺平公路，让装甲车上战场。总攻开始后，中国军人前赴后继，视死如归。1940年元旦前夜，我总攻部队潮水般扑向敌阵，日军三木大佐（赵雍 饰）剖腹自杀，被毒气熏瞎眼晴的我军士兵凭感觉向军旗致敬......

里昂（让·雷诺饰）是名孤独的职业杀手，受人雇佣。一天，邻居家小姑娘马蒂尔达（纳塔丽·波特曼饰)敲开他的房门，要求在他那里暂避杀身之祸。原来邻居家的主人是警方缉毒组的眼线，只因贪污了一小包毒品而遭恶警（加里·奥德曼饰）杀害全家的惩罚。马蒂尔达得到里昂的留救，幸免于难，并留在里昂那里。里昂教小女孩使枪，她教里昂法文，两人关系日趋亲密，相处融洽。
　　女孩想着去报仇，反倒被抓，里昂及时赶到，将女孩救回。混杂着哀怨情仇的正邪之战渐次升级，更大的冲突在所难免…

电视台记者韦海怡（邵美琪饰）在一次采访笼屋新闻时，邂逅终日沉迷于阅读的马中宝（温兆伦饰）。因海怡无意中取走《青蛙与蝎子》小说的后半部，而遭到中宝的苦苦纠缠。海怡母亲韦金铃（苗金凤饰）的地下情人湛有容（骆应钧饰）意图染指海怡，海怡不慎失手杀死了他。当自暴自弃的海怡被指控上庭时，中宝以惊人的记忆力为其申辩，海怡无罪释放，却遭受香港媒体的一致炮轰。 　　当海怡不顾众人指点与中宝成为情侣时，中宝却惹上官司，海怡结识股坛大亨乔大羽（伍卫国饰）。无良律师李英杰（张国强饰）不择手段，居然与韦金铃联手对付海怡。经历种种考验的海怡和中宝，与周予诺（郭蔼明饰）共同创办了“青天周刊”，试图唤回传媒的良心。正当他们获得成功的时刻，海怡再次遭逢重创，开始慢慢变得失去良知……