在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
载初元年，神都洛阳。武后大权独揽，称帝在即，她向全天下发布“求才诏”，宣布重开殿试。消息一出，全国能人贤士蜂拥而至，此时洛阳城却冒出来一只肆无忌惮的狐妖，她神出鬼没，专爱偷袭年轻举子。举子接连失踪，坊间谣言漫天，百姓惶惶不安。 精通“圜诡之术”的连山堂后人裴坤也在此时来到洛阳，阴差阳错卷入了一场声势浩大的“捉妖”行动，裴坤凭一己之力击退狐妖，并揪出了潜伏在太平公主身边的春秋道杀手白鹤，高调亮相的裴坤引起洛阳城内多方势力注意。 裴坤一心想要完成师父遗愿查清当年真相，他联手羽林卫和司刑寺，并且武后的情报总管公子楚也向他抛出橄榄枝。原来公子楚早已监测到蛰伏已久的古老组织春秋道即将重现江湖，狐妖只是障眼法……
普通大学生封夕在机缘巧合之下，与自己心仪已久的女神校花苏九儿结识，却不料女神的真实身份竟然是九尾狐！
