在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
罗刹街镇魂将曹焱兵和寄灵人夏玲踏上修复灵槐之路，羽林街镇魂将南御夫却受命缉拿曹焱兵，恰有菩提街镇魂将北落师门出面平息事态。但南御夫心怀鬼胎，北落师门与女孩水儿也暗藏秘密，曹焱兵和夏玲又将如何应对。菩提树下，三方命运交结，最终会涌至何处？
故事发生在《少年歌行》故事的二十年前，后来成为天下第一的百里东君彼时还是镇西侯府中集万千宠爱于一身的独孙。他虽然有个功夫绝世的父亲和身为温家家主之女的母亲，却不好习武、偏好酿酒。十载之后就能酿出酒中绝品，最后偷了家中的一张地契，跑了几百里来到了柴桑城开酒肆。可一条长街， 却已住满了煞星。只有他，真的是一个认真酿酒的小少年。他因此莫名地卷入了两大家族的纷争当中，在途中意外结识了流浪江湖无父无母的浪客司空长风，和从天启城奔赴而来的灼墨公子雷梦杀，因为感激对方的救命之恩，他决定帮助雷梦杀救出他的好兄弟——被困在自己府内的凌云公子顾剑门…… 这是一个少年英才辈出的时代，再也没有一个时代能超越它。后来成为儒剑仙的谢宣，怒剑仙的颜战天，孤剑仙的洛青阳等，此时都还寂寥无名，他们在等待彼此相遇的那一天，然后，名扬天下。
传说每当黑渊现世，就会有一场天道大劫毁灭诸天万界，重启宇宙。少年林飞因筋脉缺陷无法修行，靠着小聪明在问剑宗混吃等死，直到大劫来临，恩师与挚友战死在黑渊才为虚度光阴而追悔莫及。他历经险阻另辟蹊径，习得上古炼器法为师门报仇，与魔头渊皇同归于尽。岂料因为神秘力量的干涉，他又在重启的新纪元中重生。为守护从大劫中被神秘人传承下来的问剑宗，为了相同的惨剧不再上演，林飞决心从一名边缘弟子做起，修万剑之道，集群英之力，破天道大劫，续文明火种。
