不死少年陆沉身陷混沌域绝地百万年，只能依托庞大魂力以神识游历诸天万界，但每次游历之后都会陷入长久的沉睡中。历经无数年的暗中布局，改变命数轮回，终于在又一次苏醒后，于神魔墓园脱困而出，如龙入海。时过境迁，昔日被迫收下的徒弟竟成了修为通天的大帝，好心收养的小女孩已成为镇压一界的仙子，就连随手捡的一只癞皮狗，也已成为一宗之祖。诸天万界，天地为局，众生为子，对抗十二苍天，一切都在他谋划百万载的旷世奇局之中！
天尊山降临，灵宝母鼎现世，引发诸神王对“苍天印”、“后土印”、“万民印”的疯狂争夺。初为人父的秦羽为救兄弟侯费，卷入与血海女王等强敌的对抗。当姜澜夺得后土印成为众矢之的，秦羽展现出惊人实力震慑群雄。 然而，万民印的出现带来更惨烈的厮杀。血海女王不惜血染神王夺得万民印，秦羽为夺回此印怒斩强敌。为终结这场纷争，他设下计谋，将觊觎者引入自己的神秘领域，并在此了结宿怨。 最终，三印合一，新的天尊诞生。但旧日恩怨未消，天尊级强者前来寻仇，却引发了意想不到的后果。秦羽的命运，也随之走向一个超越所有神王想象的未知境界。
桃夭、柳公子、磨牙、滚滚一行为了寻找失踪的百妖谱，开启了在洛阳城的探险。期间遇到了绛君、咸鼠、佛眼、玄狏、婴源、人渠、狭怪以及智斗大BOSS百妖谱。
人类世界之外，藏着神秘而美好的叶罗丽仙境。这里的仙子因自然与人类世界的兴衰而生，也与万物命运相连。当人类世界灾难骤起，风云失色，失衡的力量逐渐波及仙境。危机之中，人类与仙子重新理解彼此，为守护两个世界共同的未来，倾尽所有，并肩而战。
网络动画《秦时明月之沧海横流》是由沈乐平执导、杭州玄机科技信息技术有限公司出品的中国3D武侠动画《秦时明月》系列（故事背景取自秦始皇统一六国到咸阳城被攻陷这段英雄辈出的历史时期，是一部以武侠为主题的全民型动漫）的第六部作品。
