神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
董卓火烧洛阳后，关东联军与西凉军于虎牢关狭路相逢。关羽、张飞协助大哥三英战吕布，刘备终于一战成名。吕布暗中、要挟残兵协助自己暗杀董卓。残兵前往长安途中遭遇袁绍军，幸得刘关张相助，刘备误认撩原火为子龙。长安城内，残兵和吕布联手，对抗以李儒为首的西凉众将。双方斗智斗勇，李儒最终和董卓一同殒命。
