小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。 《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。
故事开始于16世纪的佛罗伦萨，阿尔蒂（小松未可子 配音）是一位出生在贵族家庭的少女，性格开朗的她对这个世界充满了好奇，从很小的时候起，阿尔蒂就深深的沉迷于绘画无法自拔，立志成为一名画家，可是，在那个年代，一位女性想要成为画家简直就是天方夜谭。 虽然母亲强烈反对阿尔蒂的决定，但阿尔蒂还是坚持了自己的梦想，她找到了当时著名的画家雷欧（小西克幸 配音），请求进入他的艺术工作室学习。虽然刚开始雷欧并不准备接受这个看上去有些憨的少女，但在阿尔蒂的身上，雷欧看到了自己曾经充满了热情的模样，就这样，阿尔蒂正式的成为了雷欧的徒弟，开始了她的绘画之路。
冬空凩（小野友树 配音）自幼就有着比一般人强烈的灵感力，常常会遭到幽灵的附身，人生因此一直都不是很顺利，甚至因此而背负上了巨额的债务。无奈之下，冬空凩只得到处寻找容身之处，就这样来到了名为摇曳庄的温泉旅馆之中。 虽然摇曳庄的所有住客都是女性，但冬空凩最终还是在这里找到了落脚之地。天真可爱的地缚灵汤之花幽奈（岛袋美由利 配音）、每天都沉浸在妄想之中的美少女偶像宫崎千纱希（铃木绘理 配音）、对妖怪感到深恶痛绝的灵能忍者高桥李依（高桥李依 配音）、酒吞童子的后裔荒霸吐吞子（加隈亚衣 配音），和冬空凩住在同一屋檐下的是这些奇奇怪怪的美少女们。
对于高中生季堂锐太（逢坂良太 配音）来说，正确的时间里就应该做正确的事情，人人憧憬的恋爱简直是无稽之谈，学习和成绩才是重中之重。就是这样古板的男人，和青梅竹马春咲千和（赤崎千夏 配音）过着平静又充实的每一天。别看锐太如此正派，初中时的他确实个纯正的中二少年，病重的他甚至 会把自己的幻想写在笔记本上。没想到，就是这本笔记本，让他沦为了学院中公认的白富美夏川真凉（田村由加莉 配音）随意使唤的“奴隶”。 应真凉的“要求”，锐太成为了她的男朋友。至此之后，个性内向的“前女友”秋篠姬香（金元寿子 配音）和坦诚耿直的“未婚妻”冬海爱衣（茅野爱衣 配音）也接连出现在了锐太的身边。
