神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
胡八一等人受陈教授委托，前往南海珊瑚庙岛，雇阮黑师徒乘三叉戟号赴珊瑚螺旋寻秦王照骨镜。历险后坠入归墟，于沉船内得古镜并知阮黑乃多玲仇人。脱险后休整时，突现神秘人持棍逼近守夜的明叔。
讲述了小和尚一禅和师父以及身边各种人和事，并从中领悟人生的道理，领会身处尘世的芸芸众生的喜怒哀乐，怨憎会爱别离与求不得。用小和尚的视角看世界，用老和尚的话语去阐述人生的各种道理。
原本相看两生厌、互不信任不会武功的文治皇帝和舞刀弄枪的武将皇后因意外互换了身体，不得不接受现实的两人，在扮演对方身份的过程中，解开了误会，学会了爱与信任。结发为夫妻，恩爱两不疑。
一个普通的人一一辛云，在一次机会下进入到异世界，却因为沉迷女色而使自己失去成为最强者的机会，最终被九大高手为争夺七颗龙珠的混战波及，辛云重生回到当年他穿越到异世界的时候，遇到了前世最想守护的女孩，一场奇幻之旅即将展开，一个关于龙珠的惊天阴谋也慢慢浮现……
