神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
黑教廷欲计划利用明珠主校区考核夺取莫凡身上的地圣泉。宇昂放出暗影妖兽的假消息设计莫凡，不料许昭霆却先落入埋伏。莫凡救下张璐璐，许昭霆却被与宇昂变成了黑畜妖，被迫向张璐璐动手。人性未泯的许昭霆提供了黑教廷蓝衣执事的线索。莫凡悲痛不已，决定先发制人。 莫凡将一滴地圣泉放在暗影妖兽体内，借此引蛇出洞，果不其然发现内鬼傅天明。众人不明真相，反而围攻莫凡。莫凡不慎掉入宇昂的陷阱，面对诅咒畜妖的攻击，却接到唐月命令要拖住宇昂的行动。原来蓝衣执事正在冒险逗留等待宇昂。再争取一些时间，审判员夜鹰就可实施抓捕。 拉锯战后，魔法阵消失，宇昂下令围绞莫凡。莫凡忍无可忍，释放玫炎气焰取得了胜利。宇昂见势逃离现场，身受重伤的莫凡却遭到了众人的污蔑。好在夜鹰及时出现真相大白。考核风波结束后，莫凡、赵满延等人被定为交换生，将去往帝都学府。两校展开切磋，莫凡展示出超强实力战胜穆宁雪...
上古末世，辉华族少女曦和自惨痛的族地叛乱中出逃，脱离穹冥魔族掌控踏上寻找屠魔神剑之路，掀起六军之战。
少年杨凡妹妹惨死，并惨遭女友出卖，机缘巧合之下重生回到了末世爆发前！上一世，你们欺我、辱我、出卖我，这一世重生归来！杨凡捏了捏手中的超级戒指：“只有最强者才配生存下去，而我，就是那个最强者！”
顶级武者步惊云与聂风，为了应对一场将要席卷整个人间的浩劫，在无名前辈和神秘天外来客的帮助下变成量子态后，下落不明。三千年后，一颗小行星撞击地球，地表成为一片荒蛮的废土。 被困在地下的人类，逐渐发现在人体内存在著名为"脉能"的超能力量。 来自32号地下城的孤儿步天云，意外唤醒了沉睡在陨铁之中的步惊云，从此发现了自己体内的“脉能”潜力，并与聂风传人聂子风一起，走上了成为“脉能武者”的历练之路，为守护世界而战。
为阻异界镇守者入侵，守两界生灵，吕阳等剑宗翘楚无惧艰险，勇往直前，共御外敌！
