神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
灾变纪元，人类靠机甲对抗噬铁兽，机械亲和度决定一切。林风因F级亲和度被血狼战队抛弃，濒死时意外激活机械神豪系统，从此逆袭。他坐拥S级机甲军团，开起风暴维修站，以超导电池、定制机甲等黑科技横扫末世，不仅...
李天辰事件告一段落后，时光照相馆恢复了表面的平静，然而夏斐失踪的消息再次将众人卷入了命运的交叉点。随着Vein的回归与乔苓超能力的觉醒，程小时和陆光逐步触及到Bahati火灾案的秘密，而程小时的父亲程伟民和母亲邵媛媛似乎也与之有千丝万缕的联系。随着调查深入，来自某个神秘组织的刘枭开始了他的行动，而英都警察Jae的干预也使这场追寻真相的行动充满变数。
东方青苍大战后重返苍盐海，竟落入孔雀军师的陷阱，一波未平，一波又起，另一边，战神赤地频繁现身于小兰花的梦境之中，所为何意？东方青苍与小兰花的冤家旅程行至半途，游离于三界之外的影三界进入众人视野，一个关乎三界平衡的巨大隐秘逐渐浮出水面。
天宝十二年，不谙世事的英俊少年孔鸿俊，肩负三项重任离开太行山上的曜金宫，来到歌舞升平、锦绣繁华的长安。孔鸿俊初入大唐驱魔司，顶头上司竟是不久前交过手的龙武军将领李景珑。而他竟然失手将陈氏心灯打碎，心灯进入了李景珑的体内。在那盏灯的光影里，有平康里的灯红酒绿、驱魔司夏日阳光下的梧桐、茫茫塞外的漫天风沙与飞雪、阿泰如清泉般的歌声、莫日根与陆许摘下的清晨树叶、裘永思飞扬的笔锋。
