神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
被称为第一废物的吴燃在一次战斗重伤中偶然激活乾坤之宝圣魂骰子系统，获得了奇异古怪的神骰技能，解救了小师叔，打败了女修仙者霓纱，但是没有想到女修仙者霓纱对他有了爱慕之心。并且要把吴燃抓回宗门。女修仙者霓纱联合白龙王，一同进攻地球城池，想要获得乾坤之宝。最终，吴燃打败了霓纱，守护地球城池。
平凡少年王小修在一次意外中，获得了来自高纬度宇宙文明的空间系统“超能立方”，从而拥有了超凡能力。因被自己恋慕许久的校花沈瑶表白，王小修惹恼了同为沈瑶追求者的不良青年孙俊，王小修靠机智和超凡能力化解了危机，但也引来了更多的祸患。沈瑶被神秘人带去了超凡人的世界，王小修也踏上了救回沈瑶的旅程。和小修一起，在光怪陆离的世界中战斗，在成为绝世强者的路上诠释公平与正义！
陈锋意外获得现世与末世废土双向穿越的能力，没有选择独行倒卖，而是带着丧尸样本与基因药剂主动向国家坦白，并当众展示穿越能力，将整个末日世界“上交”国家。国家迅速成立“火种计划”指挥部，开启跨世界战略布局。陈锋带领现代化特种部队重返废土，以精准步枪、装甲战车、远程火箭炮对丧尸潮、废土军阀与变异暴君实施降维打击。同时，末世黑科技反向赋能现世，推动科技跨越式发展，也引来敌对大国的觊觎与围堵。故事围绕国家机器碾压末日怪物、双线崛起展开，展现跨世界争霸与文明升级的宏大征程。
在一片未知大陆上，有一座名为9号卫星城的城市，城中螺丝厂的螺丝扶正工芮梨在日复一日的枯燥工作中，逐步察觉到了这座城市的不真实。在神秘角色“Anull”的帮助下，芮梨获得了“换装”的超能力，并化身怪盗“天狼星”，为逃离这里秘密行动着。当世界的真相终于展现在自己眼前时，芮梨才发现，她真正的战斗才刚刚开始……
洛离从⼩被困于⽆灵之地银州⼤陆，成为天绝杀堂的第⼀杀⼿。⽗亲慈云⼤师牺牲⾃⼰为洛离换来⼀线⽣机，让其逃离银州，前往中天主世界去寻找真正的修仙之路。
自从晴天霹雳被宇宙护卫队赶走以后，地球上已经很久没有晴天霹雳的消息了。这一次，晴天和霹雳从达尔文星带来了几个帮手，为了迎接未知的挑战，四位护卫队员升级了各种装备，守护地球！
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故事发生在历史架空的多元宇宙世界，通过仙道十门之一的羽化门展开。羽化门麾下的大离王朝是一个拥有几十亿人口的人类王朝，每年都会向羽化门进贡宝物和人才，而经过羽化门训教出来的道人以及炼制的法宝，则是玄幻世界的关键所在。
