随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
纱名（大和田仁美 配音）自幼生活在“研究所”中，从未涉足过外面的世界。她拥有能够任意改变周遭物体的超级能力，因此被当做“危险品”一般受到重重监护。某日，再也忍无可忍的纱名逃出了研究所，随即遭到了组织的追捕。无处可去的纱名在走投无路的境遇下遇见了名为?村藏六（大冢明夫 配音）的老者，善良的老人收留了纱名。 藏六和孙女早苗（丰崎爱生 配音）过着相依为命的生活，如今家中多了一个女孩，生活倏地热闹起来。和纱名一起逃出来的，还有个性大大咧咧自由奔放的雏雾朝日（藤原夏海 配音）和她的双胞胎妹妹雏雾夜长（鬼头明里 配音），女孩们所要面对的，是步步紧逼的研究员以及她们扑朔迷离的身世。
曾是同窗的两人在一次同学会上再次见面 引发回忆杀~
海涅（植田圭辅 配音）拥有着小巧的身材和可爱的外貌，身为一个完完全全的普通人的他，既没有显赫的身世撑腰，亦没有受过什么高等的教育，却在意想不到之中被选中成为了“王室教师”。他的任务是从四位个性迥异的王子中选择可塑之才，将其培养成为继承王位的候补者。 拥有着比女子还要秀美的容貌却生活在深深的自卑之中的莱恩哈特（广濑大介 配音）、满腹诗书个性固执而又极端的布鲁诺（安达勇人 配音）、开朗乐观平易近人的里希特（苍井翔太 配音）、外表冷峻令人无法接近实际上却喜欢可爱的东西的凯（安里勇哉 配音），这些并不服从管教的熊王子们会给海涅出怎样的难题呢？
