随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
东京卍会与天竺的抗争以惨烈的结局落下帷幕。 在众人各自怀抱着悲伤走向未来之时， 花垣武道对已死的稀咲铁太感到了敬畏。 接着，听说了整个时空穿越经过的佐野万次郎做出了某个决定。 结束战斗、告别过去的花垣武道，终于抵达了恋人橘日向依然存活的最佳未来。 然而，在那里，却不见“他”的身影。 三支队伍争夺霸权—— 在这个被称为 “三天时代” 的世界里， 最后的复仇，就此开始！
大家一起歼灭了皮下真率领的犯罪组织「蒲公英」，「夜樱前线」顺利成功，接着还一并举办了太阳与六美的婚宴，夜樱家迎来了安稳的日常生活…… 然而却冒出了新任务？ 某天，太阳在梦中与夜樱家初代当家夜樱蕾进行对话。她表示为了达成「杀了我」的这个愿望，有两个不可或缺的事物。听从蕾说的话，为了接触掌握关键的皮下，太阳要挑战银级特务考试，但是有传言指「今年不会有任何人合格」，最凶狠的考官们正在等着他！ 然后露出无畏笑容，六美她们的父亲夜樱百终于动了起来，身上带有重重谜团的他，究竟有何目的？ 各式各样的事件降临在夜樱家！ 家人之间的关系遭受考验！ 电视动画『夜樱家的大作战』的新章，作战开始！
“我曾以为，只要拥有那份力量，就能守护一切。” 位于迪南地区东北部，拥有强大军事力量的海兰德王国。隶属于该国少年兵部队的少年——主人公利柳与挚友乔伊，两人曾仰望同一片星空，同宿于一个帐篷，并坚信着同一个未来。只要这场战斗结束，只要天一亮，就能回到那个平凡的日常。然而这份心意终究徒劳，两人终究被卷入了由战火引导的命运漩涡之中。无力的少年们，获得了强大的力量。在 108 颗星辰格外璀璨的夜空下，怀抱着无解的问题，少年们，将遵循自己的信念启程前行。
