随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
生长于伊豆小镇的小日向光，以及从东京搬来的大木双叶。一同进入梦丘高中的两人，在呼吸器潜水以及日常的平凡事件当中，找到了很多的幸福。曾经对任何事都很消极的双叶，在总是开朗乐观的光的影响下，经历了很多向前踏出一步的喜悦。不止如此，双叶还在期盼已久的开放水域潜水员实习中合格，接下来将要以进阶开放水域潜水员为目标。仅此一次、无可替代的高中生活，现在才正要开始。美妙的日子仍未结束，两人一同走过的日子还要一直继续。
故事发生在神世纪300年，主要讲述结城友奈是初中2年级学生，她天天在学校里过着与很多朋友一同听课、进行社团活动、玩耍的平稳生活。不管怎么看这都是非常普通的女孩的生活日程，但是只有一点与其他孩子决定性不同的地方，那就是她所属的名为“勇者部”的社团活动。以部长犬吠埼风为中心的该社团的活动内容与被谜团包围的叫做Vertex的不可思议的存在有关系，本作正是以描写友奈等人的“勇者部”的活动为主。
